پس از سالیان دراز که از سرنوشت امام موسی صدر خبری نبود، درنهایت لبها گشوده شد و از چگونگی پایان زندگی امام موسی صدر پرده برداشته شد.

گرچه گمانه زنی های مبنی بر دست داشتن قزافی در ناپدید شدن موسی صدر وجود داشت اما کسی با قاطعیت نمی توانست به این مسئله استناد کند.
یکی از افراد نزدیک به فرزند دیکتاتور معدوم لیبی، مدعی شد که امام موسی صدر به فرمان قذافی کشته شده و جنازه‌اش به دریا افکنده شده است.
  به نقل  از رأی الیوم،  "محمد اسماعیل،" معاون سیف الاسلام قذافی که دست راست وی نامیده می شود، اخیرا در گفتگویی که  در نیویورک تایمز منتشر شد، ادعا کرده که "موسی صدر" رهبر شیعیان لبنان پس از درگیری لفظی شدید با معمر قذافی درباره وضعیت آن دورۀ لبنان و نقش مقاومت در آن، به دستور قذافی به قتل رسید و جنازه‌اش به دریا انداخته شد.